Die Stadtteile
Die Stadt Papenburg umfasst die 5 ehemals selbständigen Stadtteile Aschendorf, Herbrum, Bokel, Tunxdorf und Nenndorf - und den Bereich Papenburg, der sich geografisch in das „Obenende“ und das „Untenende“ gliedert (Begriffe, die im Volksmund entstanden und nicht offiziell festgeschrieben sind, die jedoch beide Stadtteile nach wie vor bezeichnen).
Aschendorf
Die ehemals selbständige Stadt ist der älteste Stadtteil Papenburgs. Der Kreissitz blickt auf eine mehr als 1250-jährige wehrhafte Vergangenheit zurück. Zu den historischen Zeugnissen gehört insbesondere das Gut Altenkamp.
Bokel
Neben landwirtschaftlichen Flächen befindet sich ein Großteil der Papenburger Industrie- und Hafenflächen auf dem Gebiet der ehemaligen Gemeinde Bokel, so auch die Meyer Werft im Industriegebiet Süd.
Papenburg Untenende
Das Untenende ist neben dem Kreissitz Aschendorf das Verwaltungszentrum der Stadt. Das spätbarocke Rathaus am Hauptkanal gegenüber der 80 Meter hohen St. Antonius-Kirche ist Sitz der Verwaltung und der politischen Gremien.
Papenburg Obenende
Der Stadtteil dokumentiert mit seinen 20 Kilometer offenen Kanälen und ihrer beidseitigen Bebauung die typische Fehnstruktur Papenburgs. Sein Wahrzeichen, der "Alte Turm", ist ein Nachbau des Leuchtturms von Riga.
Herbrum
Der mehr als 1100-jährige südlichste Stadtteil Papenburgs ist heute überwiegend durch Landwirtschaft und Gartenbau geprägt. Zu seinen Wahrzeichen gehören die Hubtore der Schleuse am Dortmund-Ems-Kanal.
Nenndorf und Tunxdorf
Der kleinste Stadtteil ist wie das westlich angrenzende Tunxdorf überwiegend landwirtschaftlich geprägt. Beide ehemals selbständigen Gemeinden bilden heute eine Dorfgemeinschaft. Die Ursprünge von Tunxdorf gehen bis in das späte 9. Jahrhundert zurück. Landschaftliche Wahrzeichen sind das Erholungsgebiet "Tunxdorfer Waldsee" und das Naturschutzgebiet "Emsauen zwischen Herbrum und Vellage".